杀菌锅的细分类很多，按大类分为蒸汽式杀菌锅和电加热杀菌锅两种。

蒸汽杀菌锅适用于马口铁，玻璃瓶包装，PE瓶包装，适用于饮料、肉制品、酒类杀菌。其杀菌原理为高温高压，如果是粉末状的话建议用前处理的液体杀菌机、比如高温瞬时杀菌，板式杀菌或者UHT杀菌。杀菌之后在高温喷雾干燥 就不用再杀菌了。

电加热杀菌锅是利用压缩空气作反压力的圆筒体杀菌设备，其锅盖锁紧型式是采用气垫密封方式，开闭起动方便，适应于罐头、饮料对马口铁罐和玻璃罐罐头的杀菌处理工作。锅体包括锅身、锅盖、转环、轨道、密封圈、滚轮、蒸汽、喷管、冷却水管及闸阀等。